Simulate SimBiology Model

Kör SimBiology ODE/SSA-simuleringar och känslighetsanalys samtidigt som den undviker kända enhets- och loggningsbuggar.

av matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Testad · Fungerar ★ 9.6/10

Simulate SimBiology Model — Kör SimBiology ODE/SSA-simuleringar och känslighetsanalys samtidigt som den undviker kända enhets- och loggningsbuggar.

Vad den gör

Driver SimBiology-modellsimulering — deterministisk ODE, stokastisk SSA, scenariosvep och Sobol/Morris-känslighetsanalys — och kodar in åtta hårt förvärvade korrekthetsregler (tidsenhetsparning, StatesToLog för konstanta parametrar, endast MassAction-reaktioner för SSA, väggklocksvakter). Triggas på run/simulate/predict/what-if/sensitivity-förfrågningar mot en SimBiology-modell, och lämnar över till syskonskills för modellkonstruktion eller parameteranpassning.

Testrapport

Fångar den SimBiology-fälla de flesta handskrivna skript missar: utan cs.TimeUnits='hour' parat med UnitConversion simulerar en StopTime på 24 enheter tyst bara 24 sekunder, och konstanta parametrar använda inuti kvotobservabler (t.ex. Drug./Vd) försvinner om de inte uttryckligen läggs till i StatesToLog.

Testad: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model

Kommandon och exempelprompter

/matlab-simulate-simbiology-modelKör SimBiology ODE/SSA-simuleringar och känslighetsanalys samtidigt som den undviker kända enhets- och loggningsbuggar.

Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):

Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology model
Simulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivity
Do a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model

Läs hela rapporten →