MATLAB Fit SimBiology Model
Korrekta fitproblem/NLME/NCA-mönster för SimBiology PK-anpassning; fångar sbiofit-fallgropar.
Testad · Fungerar
Vad den gör
Kodifierar det korrekta `fitproblem`-baserade arbetsflödet för SimBiology-parameterskattning - groupedData-inpackning, ResponseMap-syntax, gränsvärden, log-transform, felmodeller, val mellan NLME och sbiofit, virtuella patienter och NCA - så att en agent inte griper efter de felbenägna direkta positionella anropen sbiofit/sbiofitmixed som den uttryckligen varnar för. Triggas av anpassa/skatta/kalibrera/population/NCA/AUC-språk; utesluter uttryckligen modellkonstruktion och rena känslighetsanalysförfrågningar, som routas till systerskills.
Testrapport
Jämförde kod för en enkompartment oral PK-anpassning: baslinjen utan skill anropar sbiofit direkt med en vanlig tabell och inga gränsvärden (exakt det felbenägna mönster som skillens egen dokumentation varnar för); den skill-guidade versionen packar in groupedData, sätter ResponseMap='Drug = Drug', lägger till gränsvärden plus log-transform på ke/ka, och startar med scattersearch enligt beslutstabellen.
Testad: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-fit-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-fit-simbiology-model
Kommandon och exempelprompter
/matlab-fit-simbiology-modelKorrekta fitproblem/NLME/NCA-mönster för SimBiology PK-anpassning; fångar sbiofit-fallgropar.
Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):
Help me fit this PK model in SimBiology using fitproblem correctlyI need to calibrate population parameters with NLME instead of sbiofitSet up bounds and log-transform for this SimBiology parameter estimation