Simulate SimBiology Model
Uruchamia symulacje ODE/SSA w SimBiology i analizę wrażliwości, unikając znanych błędów jednostek i logowania.
Testowano · Działa
Co robi ten skill
Steruje symulacją modeli SimBiology — deterministyczne ODE, stochastyczne SSA, przeglądy scenariuszy oraz analiza wrażliwości Sobol/Morris — i koduje osiem twardo wypracowanych reguł poprawności (parowanie jednostek czasu, StatesToLog dla parametrów stałych, reakcje SSA tylko typu MassAction, zabezpieczenia czasu rzeczywistego). Uruchamia się przy prośbach o uruchomienie/symulację/predykcję/analizę what-if/analizę wrażliwości modelu SimBiology i oddaje budowę modelu lub dopasowanie parametrów siostrzanym skillom.
Raport z testu
Wychwytuje pułapkę SimBiology, którą pomija większość ręcznie pisanych skryptów: bez cs.TimeUnits='hour' sparowanego z UnitConversion, StopTime równy 24 jednostkom po cichu symuluje 24 sekundy, a stałe parametry używane wewnątrz obserwabli będących ilorazami (np. Drug./Vd) znikają, jeśli nie zostaną jawnie dodane do StatesToLog.
Testowano: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalacja
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model
Komendy i przykładowe prompty
/matlab-simulate-simbiology-modelUruchamia symulacje ODE/SSA w SimBiology i analizę wrażliwości, unikając znanych błędów jednostek i logowania.
Skille uruchamiają się na zwykłe polecenia — bez komend do zapamiętania. Po instalacji aktywują go prompty takie jak te (po angielsku):
Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology modelSimulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivityDo a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model