Simulate SimBiology Model

Kjører SimBiology ODE/SSA-simuleringer og sensitivitetsanalyse mens den unngår kjente enhets- og loggingsfeil.

av matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Bestått ★ 9.6/10

Simulate SimBiology Model — Kjører SimBiology ODE/SSA-simuleringer og sensitivitetsanalyse mens den unngår kjente enhets- og loggingsfeil.

Hva den gjør

Kjører SimBiology-modellsimulering — deterministisk ODE, stokastisk SSA, scenariosveip og Sobol/Morris-sensitivitetsanalyse — og koder inn åtte hardt tilkjempede korrekthetsregler (tidsenhetsparing, StatesToLog for konstante parametere, kun MassAction-reaksjoner for SSA, sikring mot lang kjøretid). Utløses av run/simulate/predict/what-if/sensitivitet-forespørsler mot en SimBiology-modell, og overlater til søsken-skill for modellbygging eller parametertilpasning.

Testrapport

Fanger SimBiology-fellen de fleste håndskrevne skript går glipp av: uten cs.TimeUnits='hour' paret med UnitConversion vil et StopTime på 24 enheter stille simulere 24 sekunder, og konstante parametere brukt inni forholdsobservabler (f.eks. Drug./Vd) forsvinner med mindre de eksplisitt legges til StatesToLog.

Testet på: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installer

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model

Kommandoer og eksempelprompter

/matlab-simulate-simbiology-modelKjører SimBiology ODE/SSA-simuleringer og sensitivitetsanalyse mens den unngår kjente enhets- og loggingsfeil.

Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology model
Simulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivity
Do a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model

Full rapport →