Simulate SimBiology Model

Draait SimBiology ODE/SSA-simulaties en sensitiviteitsanalyse, en ontwijkt daarbij bekende unit- en logging-bugs.

Door matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Getest · Werkt ★ 9.6/10

Simulate SimBiology Model — Draait SimBiology ODE/SSA-simulaties en sensitiviteitsanalyse, en ontwijkt daarbij bekende unit- en logging-bugs.

Wat het doet

Stuurt SimBiology-modelsimulatie aan — deterministische ODE, stochastische SSA, scenario-sweeps en Sobol/Morris-sensitiviteitsanalyse — en legt acht hard-bevochten correctheidsregels vast (time-unit-pairing, StatesToLog voor constante parameters, MassAction-only SSA-reacties, wall-clock-guards). Triggert op run/simulate/predict/what-if/sensitivity-verzoeken tegen een SimBiology-model, en draagt modelconstructie of parameter-fitting over aan zusterskills.

Testrapport

Vangt de SimBiology-valkuil die de meeste handgeschreven scripts missen: zonder cs.TimeUnits='hour' gekoppeld aan UnitConversion simuleert een StopTime van 24 eenheden stilzwijgend 24 seconden, en constante parameters die binnen ratio-observables worden gebruikt (bijv. Drug./Vd) verdwijnen tenzij ze expliciet aan StatesToLog worden toegevoegd.

Getest op: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installatie

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model

Commando's en voorbeeldprompts

/matlab-simulate-simbiology-modelDraait SimBiology ODE/SSA-simulaties en sensitiviteitsanalyse, en ontwijkt daarbij bekende unit- en logging-bugs.

Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):

Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology model
Simulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivity
Do a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model

Volledig rapport (Engels) →