MATLAB Fit SimBiology Model
Correcte fitproblem/NLME/NCA-patronen voor SimBiology PK-fitting; vangt sbiofit-valkuilen op.
Getest · Werkt
Wat het doet
Legt de correcte, op `fitproblem` gebaseerde workflow vast voor SimBiology-parameterschatting - groupedData-wrapping, ResponseMap-syntax, bounds, log-transform, foutmodellen, keuze tussen NLME en sbiofit, virtuele patiënten, en NCA - zodat een agent niet grijpt naar de foutgevoelige, directe positionele sbiofit/sbiofitmixed-aanroepen waar de skill expliciet voor waarschuwt. Triggert op taal als fit/estimate/calibrate/population/NCA/AUC; sluit expliciet modelconstructie en pure sensitiviteitsanalyse-verzoeken uit, die naar aanpalende skills routen.
Testrapport
Vergeleek code voor een one-compartment oral-PK-fit: de baseline zonder skill roept sbiofit direct aan met een gewone table en zonder bounds (precies het foutgevoelige patroon waar de eigen documentatie van de skill voor waarschuwt); de door de skill geleide versie wrapt groupedData, zet ResponseMap='Drug = Drug', voegt bounds plus log-transform op ke/ka toe, en start met scattersearch volgens de beslistabel.
Getest op: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installatie
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-fit-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-fit-simbiology-model
Commando's en voorbeeldprompts
/matlab-fit-simbiology-modelCorrecte fitproblem/NLME/NCA-patronen voor SimBiology PK-fitting; vangt sbiofit-valkuilen op.
Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):
Help me fit this PK model in SimBiology using fitproblem correctlyI need to calibrate population parameters with NLME instead of sbiofitSet up bounds and log-transform for this SimBiology parameter estimation