Simulate SimBiology Model
Esegue simulazioni ODE/SSA e analisi di sensitività in SimBiology evitando bug noti di unità di misura e logging.
Promosso
Cosa fa
Guida la simulazione di modelli SimBiology — ODE deterministico, SSA stocastico, sweep di scenari e analisi di sensitività Sobol/Morris — e codifica otto regole di correttezza guadagnate sul campo (abbinamento delle unità di tempo, StatesToLog per i parametri costanti, reazioni SSA solo MassAction, guardie sul wall-clock). Si attiva su richieste di run/simulate/predict/what-if/sensitivity su un modello SimBiology, e rimanda a skill correlate per la costruzione del modello o il fitting dei parametri.
Rapporto di test
Cattura la trappola di SimBiology che la maggior parte degli script scritti a mano si perde: senza cs.TimeUnits='hour' abbinato a UnitConversion, uno StopTime di 24 unità simula silenziosamente 24 secondi, e i parametri costanti usati dentro observable a rapporto (es. Drug./Vd) spariscono a meno che non vengano aggiunti esplicitamente a StatesToLog.
Testato il: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installazione
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model
Comandi e prompt di esempio
/matlab-simulate-simbiology-modelEsegue simulazioni ODE/SSA e analisi di sensitività in SimBiology evitando bug noti di unità di misura e logging.
Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):
Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology modelSimulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivityDo a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model