Blast Search

Esegue ricerche NCBI BLAST per similarità/omologia di sequenza — richiede BLAST+ o BioPython preinstallati.

di BioTender-max · BioTender-max/awesome-bio-agent-skills

Tested · Didn't pass

Blast Search — Esegue ricerche NCBI BLAST per similarità/omologia di sequenza — richiede BLAST+ o BioPython preinstallati.

Cosa fa

Esegue ricerche NCBI BLAST+ locali (blastn/blastp/blastx/tblastn) o remote per trovare sequenze simili di DNA, RNA o proteine e identificare geni per omologia, presentando i risultati come una tabella classificata con identità ed E-values. Si attiva su richieste di BLAST di una sequenza, ricerca di sequenze simili o esecuzione di una ricerca di omologia. Le istruzioni presuppongono un container bioinformatico preconfigurato con BLAST+ e BioPython già installati e non forniscono un fallback se i binari sono mancanti.

Rapporto di test

Seguire letteralmente il SKILL.md incontra immediatamente un ostacolo: blastn non è installato e non ci sono indicazioni di fallback, mentre un semplice script Python di cinque righe ha trovato la stessa identità di sequenza del 95% in meno di un secondo.

Testato il: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installazione

git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills
cd awesome-bio-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/bioclaw/blast-search ~/.claude/skills/blast-search

Comandi e prompt di esempio

  • /blast-searchEsegue ricerche NCBI BLAST per similarità/omologia di sequenza — richiede BLAST+ o BioPython preinstallati.

Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):

  • Can you BLAST this DNA sequence against the nt database for me?
  • I need to find genes similar to this protein sequence via homology.
  • Run a local blastp search comparing these two protein sequences.