Simulate SimBiology Model
Exécute des simulations SimBiology ODE/SSA et des analyses de sensibilité en évitant des bugs connus d'unités et de journalisation.
Testé · Fonctionne
Ce que fait
Pilote la simulation de modèles SimBiology — ODE déterministe, SSA stochastique, balayages de scénarios, et analyse de sensibilité Sobol/Morris — et encode huit règles de correction durement acquises (appariement des unités de temps, StatesToLog pour les paramètres constants, réactions SSA MassAction uniquement, garde-fous de temps réel). Se déclenche sur les demandes run/simulate/predict/what-if/sensitivity contre un modèle SimBiology, et laisse la construction du modèle ou l'ajustement de paramètres à des skills associés.
Rapport de test
Attrape le piège SimBiology que la plupart des scripts écrits à la main manquent : sans cs.TimeUnits='hour' apparié à UnitConversion, un StopTime de 24 unités simule silencieusement 24 secondes, et les paramètres constants utilisés dans des observables de ratio (par ex. Drug./Vd) disparaissent à moins d'être explicitement ajoutés à StatesToLog.
Testé le: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model
Commandes et exemples de prompts
/matlab-simulate-simbiology-modelExécute des simulations SimBiology ODE/SSA et des analyses de sensibilité en évitant des bugs connus d'unités et de journalisation.
Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :
Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology modelSimulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivityDo a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model