Simulate SimBiology Model
Ejecuta simulaciones ODE/SSA de SimBiology y análisis de sensibilidad evitando bugs conocidos de unidades y logging.
Probado · Funciona
Qué hace
Controla la simulación de modelos SimBiology — ODE determinista, SSA estocástico, barridos de escenarios y análisis de sensibilidad Sobol/Morris — y codifica ocho reglas de corrección ganadas con esfuerzo (emparejamiento de unidades de tiempo, StatesToLog para parámetros constantes, reacciones SSA solo MassAction, guardas de tiempo real). Se activa con solicitudes de run/simulate/predict/what-if/sensitivity sobre un modelo SimBiology, y delega a skills hermanas la construcción del modelo o el ajuste de parámetros.
Informe de la prueba
Detecta la trampa de SimBiology que la mayoría de scripts escritos a mano pasan por alto: sin cs.TimeUnits='hour' emparejado con UnitConversion, un StopTime de 24 unidades simula silenciosamente 24 segundos, y los parámetros constantes usados dentro de observables de razón (p. ej. Drug./Vd) desaparecen a menos que se añadan explícitamente a StatesToLog.
Probado el: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalación
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model
Comandos y prompts de ejemplo
/matlab-simulate-simbiology-modelEjecuta simulaciones ODE/SSA de SimBiology y análisis de sensibilidad evitando bugs conocidos de unidades y logging.
Los skills se activan con peticiones en lenguaje natural, sin comandos que memorizar. Tras instalarlo, prompts como estos lo activan (en inglés):
Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology modelSimulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivityDo a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model