Simulate SimBiology Model
Führt SimBiology-ODE/SSA-Simulationen und Sensitivitätsanalysen aus und umgeht bekannte Unit- und Logging-Bugs.
Getestet · Funktioniert
Was es kann
Steuert SimBiology-Modellsimulation — deterministische ODE, stochastische SSA, Szenario-Sweeps und Sobol/Morris-Sensitivitätsanalyse — und kodiert acht hart erarbeitete Korrektheitsregeln (Zeit-Unit-Pairing, StatesToLog für konstante Parameter, MassAction-only-SSA-Reaktionen, Wall-Clock-Guards). Reagiert auf run/simulate/predict/what-if/sensitivity-Anfragen an ein SimBiology-Modell und überlässt Modellaufbau oder Parameter-Fitting Sibling-Skills.
Testbericht
Erwischt die SimBiology-Falle, die die meisten handgeschriebenen Skripte übersehen: Ohne cs.TimeUnits='hour' gepaart mit UnitConversion simuliert eine StopTime von 24 Units still 24 Sekunden, und konstante Parameter, die in Verhältnis-Observablen genutzt werden (z. B. Drug./Vd), verschwinden, sofern sie nicht explizit zu StatesToLog hinzugefügt werden.
Getestet am: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model
Befehle & Beispiel-Prompts
/matlab-simulate-simbiology-modelFührt SimBiology-ODE/SSA-Simulationen und Sensitivitätsanalysen aus und umgeht bekannte Unit- und Logging-Bugs.
Skills reagieren auf normale Anfragen — keine Slash-Befehle nötig. Nach der Installation aktivieren Prompts wie diese den Skill (auf Englisch):
Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology modelSimulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivityDo a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model