Simulate SimBiology Model

Kører SimBiology ODE/SSA-simuleringer og sensitivitetsanalyse, mens den undgår kendte enheds- og logningsfejl.

Af matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Testet · Virker ★ 9.6/10

Simulate SimBiology Model — Kører SimBiology ODE/SSA-simuleringer og sensitivitetsanalyse, mens den undgår kendte enheds- og logningsfejl.

Hvad det gør

Kører SimBiology-modelsimulering — deterministisk ODE, stokastisk SSA, scenarie-sweeps og Sobol/Morris-sensitivitetsanalyse — og indkoder otte hårdt tilkæmpede korrekthedsregler (tidsenhedsparring, StatesToLog for konstante parametre, kun MassAction-reaktioner til SSA, wall-clock-guards). Trigges af run/simulate/predict/what-if/sensitivity-forespørgsler mod en SimBiology-model, og overlader modelkonstruktion eller parameterfitting til søskende-skills.

Testrapport

Fanger den SimBiology-faldgrube, de fleste håndskrevne scripts overser: uden cs.TimeUnits='hour' parret med UnitConversion simulerer en StopTime på 24 enheder lydløst kun 24 sekunder, og konstante parametre brugt i ratio-observabler (fx Drug./Vd) forsvinder, medmindre de eksplicit tilføjes til StatesToLog.

Testet: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model

Kommandoer og eksempelprompter

/matlab-simulate-simbiology-modelKører SimBiology ODE/SSA-simuleringer og sensitivitetsanalyse, mens den undgår kendte enheds- og logningsfejl.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology model
Simulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivity
Do a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model

Læs hele rapporten →