Blast Search

Udfører NCBI BLAST-søgninger efter sekvenslighed/homologi — kræver BLAST+ eller BioPython forudinstalleret.

Af BioTender-max · BioTender-max/awesome-bio-agent-skills

Tested · Didn't pass

Blast Search — Udfører NCBI BLAST-søgninger efter sekvenslighed/homologi — kræver BLAST+ eller BioPython forudinstalleret.

Hvad det gør

Udfører lokale (blastn/blastp/blastx/tblastn) eller fjern-NCBI BLAST+-søgninger for at finde lignende DNA-, RNA- eller proteinsekvenser og identificere gener ved homologi, og præsenterer hits som en rangeret tabel med identitet og E-værdier. Udløses ved anmodninger om at BLASTe en sekvens, finde lignende sekvenser eller udføre en homologisøgning. Instruktionerne antager en forudkonfigureret bioinformatik-container med BLAST+ og BioPython allerede installeret og giver ingen fallback, når disse binære filer mangler.

Testrapport

At følge SKILL.md bogstaveligt rammer straks en mur: blastn er ikke installeret, og der er ingen fallback-vejledning, mens et simpelt Python-script på fem linjer fandt den samme 95% sekvensidentitet på under et sekund.

Testet: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/BioTender-max/awesome-bio-agent-skills
cd awesome-bio-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/bioclaw/blast-search ~/.claude/skills/blast-search

Kommandoer og eksempelprompter

/blast-searchUdfører NCBI BLAST-søgninger efter sekvenslighed/homologi — kræver BLAST+ eller BioPython forudinstalleret.

Skills udløses af almindelige forespørgsler — ingen kommandoer at huske. Efter installationen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Can you BLAST this DNA sequence against the nt database for me?
I need to find genes similar to this protein sequence via homology.
Run a local blastp search comparing these two protein sequences.

Læs hele rapporten →