Simulate SimBiology Model

Spouští simulace ODE/SSA a analýzu citlivosti v SimBiology při obcházení známých chyb v jednotkách a logování.

od matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Otestováno · Funguje ★ 9.6/10

Simulate SimBiology Model — Spouští simulace ODE/SSA a analýzu citlivosti v SimBiology při obcházení známých chyb v jednotkách a logování.

Co umí

Řídí simulaci modelu SimBiology — deterministické ODE, stochastické SSA, sweepy scénářů a analýzu citlivosti Sobol/Morris — a zakódovává osm tvrdě vydobytých pravidel korektnosti (párování časových jednotek, StatesToLog pro konstantní parametry, reakce SSA pouze MassAction, ochrany proti běhu na čas). Spouští se na požadavcích run/simulate/predict/what-if/sensitivity vůči modelu SimBiology a přenechává sesterským skillům konstrukci modelu nebo fitování parametrů.

Testovací report

Zachytí chybu SimBiology, kterou ručně psané skripty většinou přehlédnou: bez cs.TimeUnits='hour' spárovaného s UnitConversion se StopTime 24 jednotek tiše simuluje jako 24 sekund a konstantní parametry použité uvnitř poměrových observables (např. Drug./Vd) zmizí, pokud nejsou explicitně přidány do StatesToLog.

Testováno: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalace

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-simulate-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-simulate-simbiology-model

Příkazy a ukázkové prompty

/matlab-simulate-simbiology-modelSpouští simulace ODE/SSA a analýzu citlivosti v SimBiology při obcházení známých chyb v jednotkách a logování.

Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):

Run a stochastic SSA simulation on this SimBiology model
Simulate this pharmacokinetic model and check the parameter sensitivity
Do a Sobol sensitivity analysis on my SimBiology dosing model

Kompletní testovací report (anglicky) →