MATLAB Fit SimBiology Model
Správné vzory fitproblem/NLME/NCA pro PK fitting v SimBiology; odhaluje úskalí sbiofit.
Otestováno · Funguje
Co umí
Zakóduje správný workflow založený na `fitproblem` pro odhad parametrů v SimBiology - obalení groupedData, syntaxi ResponseMap, meze, log-transformaci, chybové modely, výběr mezi NLME a sbiofit, virtuální pacienty a NCA - aby agent nesahal po chybově náchylných přímých pozičních voláních sbiofit/sbiofitmixed, před kterými explicitně varuje. Spouští se na slova fit/estimate/calibrate/population/NCA/AUC; explicitně vylučuje konstrukci modelu a čisté požadavky na analýzu citlivosti, které směřují k sourozeneckým skillům.
Testovací report
Porovnal jsem kód pro fit jednokompartmentové perorální PK: baseline bez skillu volá sbiofit přímo s obyčejnou tabulkou a bez mezí (přesně chybově náchylný vzor, před kterým vlastní dokumentace skillu varuje); verze se skillem obaluje groupedData, nastaví ResponseMap='Drug = Drug', přidá meze plus log-transformaci na ke/ka a začíná se scattersearch podle rozhodovací tabulky.
Testováno: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalace
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-fit-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-fit-simbiology-model
Příkazy a ukázkové prompty
/matlab-fit-simbiology-modelSprávné vzory fitproblem/NLME/NCA pro PK fitting v SimBiology; odhaluje úskalí sbiofit.
Skilly se spouštějí běžnými požadavky — žádné příkazy k zapamatování. Po instalaci ho aktivují prompty jako tyto (anglicky):
Help me fit this PK model in SimBiology using fitproblem correctlyI need to calibrate population parameters with NLME instead of sbiofitSet up bounds and log-transform for this SimBiology parameter estimation