Trackpy Particle Tracking

Enkelpartikelspårning i mikroskopivideo: lokalisera, länka, filtrera, MSD-diffusion med trackpy

av jaechang-hits · jaechang-hits/SciAgent-Skills

Testad · Fungerar ★ 9.2/10

Trackpy Particle Tracking — Enkelpartikelspårning i mikroskopivideo: lokalisera, länka, filtrera, MSD-diffusion med trackpy

Vad den gör

En referensfärdighet för Python-biblioteket trackpy som vägleder Claude genom enkelpartikelspårning (SPT) i videomikroskopi: lokalisering av ljusa fläckar per bildruta, länkning av dem till trajektorier, filtrering av korta spår, korrigering av scenförskjutning och beräkning av MSD för att extrahera diffusionskoefficienter i 2D och 3D. Utlöses när en användare har en fluorescens- eller ljusfältsmikroskopivideo (TIF-stack, AVI, bildserie) och vill ha trajektorier per partikel, medelkvadratiska förskjutningskurvor eller diffusionskoefficienter. Utlöses inte för bildsegmentering, cellräkning eller generisk objektdetektering.

Testrapport

Hämtade SKILL.md (enda filen i katalogen; inga paketerade skript, inga säkerhetsbrister; frontmatter har name+description, licens BSD-3). Installerade trackpy 0.7 + pims i en venv, genererade en syntetisk 60-bildruta TIF av 25 Gaussiska partiklar som utförde en slumpmässig gång med känd D_true=0.8 px^2/frame. Körde ett BASLINJE-skript (gissad diameter, standard minmass, inget stub-filter, ingen driftkorrigering, grov lag-1 MSD) och ett FÄRDIGHETS-skript (Workflow 1 ordagrant: locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit). Baslinjen överdetekterade brus (~55 funktioner/bildruta vs 25 verkliga), fragmenterades till 1752 spår, och returnerade D=1.259 (57% högt); färdigheten filtrerade till 20 rena spår och returnerade D=0.691 (R^2=0.998), mycket närmare sanningen. Alla dokumenterade API-anrop (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) exekverades korrekt.

Testad: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking
# Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts):
#   pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy
# For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2  OR  pip install aicsimageio
# Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.

Kommandon och exempelprompter

/trackpy-particle-trackingEnkelpartikelspårning i mikroskopivideo: lokalisera, länka, filtrera, MSD-diffusion med trackpy

Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):

Track fluorescent particles in this microscopy video
Compute MSD for these vesicle trajectories
Link detected spots into particle tracks across frames

Läs hela rapporten →