ROBOT OBO Tool

Kommandoreferens för ROBOT, standard OBO-ontology CLI: resonemang, TSV-till-OWL-mallar, QC, formatkonvertering.

av ai4curation · ai4curation/curation-skills

Testad · Fungerar ★ 9.6/10

ROBOT OBO Tool — Kommandoreferens för ROBOT, standard OBO-ontology CLI: resonemang, TSV-till-OWL-mallar, QC, formatkonvertering.

Vad den gör

En referensguide (SKILL.md + 8 dokument/djupdykningsfiler) för ROBOT, Java CLI som används av nästan alla OBO Foundry-ontology-byggpipelines, som täcker resonemang (ELK/HermiT), mallbaserad termgenerering från TSV/CSV, kvalitetskontrollrapporter, formatkonvertering, modul extraktion, SPARQL-frågor och kommandokedjning. Utlöses när användaren arbetar med OWL/OBO-ontologyfiler och behöver ett automatiserat bygg-/QC-/konverteringssteg.

Testrapport

Installerade riktig Java + laddade ner den faktiska ROBOT jar från ontodev/robot och körde den live: en naiv mall TSV (ingen färdighetsvägledning) misslyckades omedelbart med UNKNOWN TEMPLATE ERROR, medan färdighetens dokumenterade 3-radiga mallformat (rubriker / mallsträngar som 'SC %' och 'A rdfs:comment' / data) producerade giltig OWL som sedan konverterades rent till OBO med det exakta dokumenterade kommandot.

Testad: 2026-07-15 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/ai4curation/curation-skills
cd curation-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r robot-obo-tool ~/.claude/skills/robot-obo-tool

Kommandon och exempelprompter

/robot-obo-toolKommandoreferens för ROBOT, standard OBO-ontology CLI: resonemang, TSV-till-OWL-mallar, QC, formatkonvertering.

Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):

Generate OWL term classes from this TSV using robot template
Convert my OWL ontology file to OBO format with robot convert
Run a QC report on this OBO ontology and check for reasoning errors

Läs hela rapporten →