ReacNetGenerator

Kör ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectories för att bygga reaktionsnätverk och rapporter.

av jinzhezenggroup · jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills

Testad · Fungerar ★ 9.2/10

ReacNetGenerator — Kör ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectories för att bygga reaktionsnätverk och rapporter.

Vad den gör

Omsluter ReacNetGenerator (och hjälpverktyget reacnet-md-tools) för att omvandla LAMMPS dump/bond/xyz-trajectories till reaktionsnätverksrapporter, och hanterar koordinatformatsegenheter (xs/ys/zs till x/y/z, PBC/cellval) automatiskt. Triggar när en användare vill analysera en reaktiv MD-trajectory eller efterbearbeta befintlig .reactionabcd/.species-output istället för att köra om den. Väljer mellan den högnivå-wrapper-CLI:n och den nativa reacnetgenerator-CLI:n beroende på om officiella lågnivåflaggor behövs.

Testrapport

Ombedd att planera en körning på en xs/ys/zs LAMMPS-dump utan datafil: styrde mot reacnet-md-tools-wrappern och --nohmm istället för att hitta på flaggor ur minnet — exakt den hallucination en nischad kemi-CLI-skill ska förhindra.

Testad: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills
cd computational-chemistry-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator

Kommandon och exempelprompter

/reacnetgeneratorKör ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectories för att bygga reaktionsnätverk och rapporter.

Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):

Build a reaction network from my LAMMPS trajectory
Analyze this ReaxFF dump with ReacNetGenerator
Post-process my reactive MD trajectory output

Läs hela rapporten →