BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Validerar träd/geografi-input, skapar en fullständig BioGeoBEARS-analysmapp och genererar ett körklart RMarkdown-skript.
Testad · Fungerar
Vad den gör
Konfigurerar fylogenetiska biogeografiska (antrace-områdes) analyser med R-paketet BioGeoBEARS: validerar och omformaterar geografifiler mot trädspetsar, skapar en organiserad analyskatalog och genererar ett anpassat RMarkdown-skript som passar och jämför de sex standardmodellerna DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J). Triggers vid förfrågningar att rekonstruera antrace-områden, analysera artsdistributioner på en fylogeni, eller köra BioGeoBEARS.
Testrapport
Körde den medföljande validatorn på verklig leksaksdata end-to-end: den omformaterade korrekt en CSV-distributions tabell till PHYLIP-format, fångade sedan tre verkliga, distinkta fel på en avsiktligt trasig fil (ett mellanslag i ett artnamn, fel binär kodlängd, en ogiltig tecken) och en träd/geografi-art-mismatch, var och en med ett exakt radnummererat meddelande — exakt den typ av felsökning som en baslinje manuell installation skulle bränna 20+ minuter på att upptäcka genom försök och misstag.
Testad: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Kommandon och exempelprompter
/biogeobearsValiderar träd/geografi-input, skapar en fullständig BioGeoBEARS-analysmapp och genererar ett körklart RMarkdown-skript.
Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models