anndata
Arbetar med .h5ad-annoterade matrisfiler för encelldata i scverse-ekosystemet.
Fungerar med konfiguration
Vad den gör
Datastruktur för annoterade matriser inom encellsanalys. Använd vid arbete med .h5ad-filer eller integration med scverse-ekosystemet. Det här är dataformat-skillen — för analysarbetsflöden, använd scanpy; för probabilistiska modeller, använd scvi-tools; för populationsskaliga frågor, använd cellxgene-census.
Testrapport
Installation ord för ord (git clone + cp) fungerar utan problem; SKILL.md-frontmatter tolkas som strikt YAML med alla 5 refererade filer på plats, och varje dokumenterat API (AnnData-konstruktion, ad.concat, sparse-konvertering, h5ad backed-mode I/O, zarr-inställningar) körs korrekt mot det riktiga anndata-paketet. På en A/B-uppgift att bygga och filtrera en AnnData producerade skill- och bas-armarna funktionellt identiska, korrekta, idiomatiska skript (båda tog bort den helt nollställda cellen, båda skrev/laddade om h5ad i backed mode), så skillen gav ingen mätbar fördel i utdata på den här uppgiften. Kräver att Python-paketet anndata är installerat (pip install anndata); inga API-nycklar eller externa tjänster behövs.
Testad: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Kommandon och exempelprompter
/anndataArbetar med .h5ad-annoterade matrisfiler för encelldata i scverse-ekosystemet.
Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type