AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Kör AlphaFold2 via ColabFold för att vecka proteiner/komplex och tolka pLDDT/pTM/ipTM/PAE-konfidens.
Fungerar med konfiguration
Vad den gör
Förutsäger 3D-proteinstrukturer från en FASTA-sekvens med AlphaFold2 via ColabFolds MMseqs2-accelererade MSA-pipeline, täcker enkelkedjiga monomerer och AlphaFold2-Multimer-komplex. Förklarar hur man läser konfidensmått per rest och per gränssnitt och hur man validerar en designad sekvens via självkonsekvent omveckning. Del av en större AlterLab-svit; hänvisar explicit till syskonfärdigheter för ligand-samveckning, antikroppskomplex, inbäddningar eller databassökningar. Kräver en CUDA GPU och ColabFold-installation.
Testrapport
Dirigerar korrekt en ProteinMPNN-designad peptid in i självkonsekvens-vecknings-och-kontroll-loopen och överlämnar GPU-steget till alterlab-remote-compute – men faktisk veckning kräver en CUDA GPU plus multi-GB AlphaFold2-vikter som denna sandlåda inte har, så endast vägledningslagret kunde verifieras.
Testad: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Kommandon och exempelprompter
/alterlab-alphafoldKör AlphaFold2 via ColabFold för att vecka proteiner/komplex och tolka pLDDT/pTM/ipTM/PAE-konfidens.
Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.