SkillProof tested Claude skills

Accessibility Aggregation

Slår samman ATAC-seq/DNase-seq-toppar till en union-kromatin-karta – kräver en medföljande MCP-server för datahämtning.

av ammawla · ammawla/encode-toolkit

Fungerar med konfiguration ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Slår samman ATAC-seq/DNase-seq-toppar till en union-kromatin-karta – kräver en medföljande MCP-server för datahämtning.

Vad den gör

Aggregerar ATAC-seq- och DNase-seq narrowPeak-filer från flera ENCODE-experiment till en union av öppna kromatin-toppar, tillämpar ENCODE blocklist-filtrering, per-prov signalValue-filtrering, ATAC sub-nukleosomal artefaktborttagning och hög/stödd/singleton konfidensnivåindelning. Utlöses vid förfrågningar som 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' eller 'where is chromatin accessible in my tissue'. Steg 1-3 och 7 (sök/ladda ner/provenance-logg) anropar anpassade encode_*-verktyg som endast existerar om den medföljande encode-toolkit MCP-servern är installerad separat; steg 4-6 (blocklist/signalfiltrering, bedtools merge, konfidensannotation) och det medföljande validate_peaks.py-skriptet är fristående och körs oberoende.

Testrapport

Körde den faktiska bedtools-pipelinen på syntetiska ATAC/DNase narrowPeak-data: färdighetens blocklist + signalValue + sub-nukleosomala filter tog korrekt bort en planterad svartlistad artefakt och ett 20bp Tn5-fragment som en naiv baslinje-sammanslagning behöll som falska 'accessible regions', men dess egen AWK-logik för konfidensnivå gör 'Supported'-nivån oåtkomlig för N<=4 prover, och ENCODE-sök-/nedladdningsstegen kräver en separat encode-toolkit MCP-server som inte ingår i färdighetsmappen.

Testad: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Kommandon och exempelprompter

  • /accessibility-aggregationSlår samman ATAC-seq/DNase-seq-toppar till en union-kromatin-karta – kräver en medföljande MCP-server för datahämtning.

Skills triggas av vanliga förfrågningar — inga kommandon att memorera. Efter installationen aktiverar prompter som dessa skillen (på engelska):

  • Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
  • Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
  • Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Läs hela rapporten →