ReacNetGenerator
Uruchamia ReacNetGenerator na trajektoriach LAMMPS/ReaxFF, żeby zbudować sieci reakcji i raporty.
Testowano · Działa
Co robi ten skill
Opakowuje ReacNetGenerator (i pomocnika reacnet-md-tools), żeby zamienić trajektorie LAMMPS dump/bond/xyz w raporty sieci reakcji, automatycznie obsługując dziwactwa formatu współrzędnych (xs/ys/zs na x/y/z, wybór PBC/cell). Włącza się, gdy użytkownik chce przeanalizować reaktywną trajektorię MD albo przetworzyć istniejący wynik .reactionabcd/.species zamiast uruchamiać go od nowa. Wybiera między CLI wysokopoziomowego wrappera a natywnym CLI reacnetgenerator, zależnie od tego, czy potrzebne są oficjalne flagi niskopoziomowe.
Raport z testu
Poproszony o plan przebiegu na dumpie LAMMPS xs/ys/zs bez pliku danych, skierował do wrappera reacnet-md-tools i --nohmm zamiast zmyślać flagi reacnetgenerator z pamięci — dokładnie błąd halucynacji, przed którym niszowy skill ma chronić.
Testowano: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalacja
git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills cd computational-chemistry-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator
Komendy i przykładowe prompty
/reacnetgeneratorUruchamia ReacNetGenerator na trajektoriach LAMMPS/ReaxFF, żeby zbudować sieci reakcji i raporty.
Skille uruchamiają się na zwykłe polecenia — bez komend do zapamiętania. Po instalacji aktywują go prompty takie jak te (po angielsku):
Build a reaction network from my LAMMPS trajectoryAnalyze this ReaxFF dump with ReacNetGeneratorPost-process my reactive MD trajectory output