Build SimBiology Models
Gęsty przewodnik po API i regułach SimBiology, który zapobiega prawdziwym błędom niejednoznacznych species i przestarzałych właściwości.
Testowano · Działa
Co robi ten skill
Ten skill to 499-liniowy przewodnik po API i zestaw reguł do programowego konstruowania i diagramowania modeli SimBiology — obejmuje kwalifikowane nazewnictwo species, nowoczesne nazwy właściwości (Value/Units/Constant), konwencje kierunku reakcji, ograniczenia reguł/zdarzeń oraz matematykę układu diagramu. Uruchamia się na „zbuduj/dodaj/zmodyfikuj compartment, species, reaction, diagram, layout” i wprost odsyła prośby o symulację i dopasowywanie parametrów do siostrzanych skilli.
Raport z testu
Poproszono obie ścieżki o połączenie dwukompartmentowego modelu PK z species „Drug” w każdym kompartmencie: baseline bez wskazówek napisał niekwalifikowane odwołania do species, które SimBiology odrzuca jako niejednoznaczne między kompartmentami, podczas gdy Reguła 5 skilla (zawsze używaj kwalifikowanych nazw Compartment.Species) dała ciągi reakcji, które są faktycznie poprawne.
Testowano: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalacja
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-build-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-build-simbiology-model
Komendy i przykładowe prompty
/matlab-build-simbiology-modelGęsty przewodnik po API i regułach SimBiology, który zapobiega prawdziwym błędom niejednoznacznych species i przestarzałych właściwości.
Skille uruchamiają się na zwykłe polecenia — bez komend do zapamiętania. Po instalacji aktywują go prompty takie jak te (po angielsku):
Help me add a species and reaction to my SimBiology modelBuild a compartment diagram programmatically in SimBiologyFix the ambiguous species naming error in my SimBiology script