BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Weryfikuje dane drzewa/geografii, tworzy pełny folder analizy BioGeoBEARS i generuje gotowy do uruchomienia skrypt RMarkdown.
Testowano · Działa
Co robi ten skill
Konfiguruje analizy biogeograficzne filogenetyczne (zasięg przodków) przy użyciu pakietu R BioGeoBEARS: weryfikuje i przekształca pliki geografii względem końcówek drzewa, tworzy zorganizowany katalog analiz i generuje niestandardowy skrypt RMarkdown, który dopasowuje i porównuje sześć standardowych modeli DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J). Aktywuje się przy żądaniach rekonstrukcji zasięgów przodków, analizy dystrybucji gatunków na filogenezie lub uruchomienia BioGeoBEARS.
Raport z testu
Uruchomiono dołączony walidator na rzeczywistych danych testowych end-to-end: poprawnie przekształcił tabelę dystrybucji CSV do formatu PHYLIP, a następnie wychwycił trzy rzeczywiste, różne błędy w celowo uszkodzonym pliku (spacja w nazwie gatunku, niewłaściwa długość kodu binarnego, nieprawidłowy znak) i niezgodność gatunków drzewa/geografii, każdy z precyzyjnym komunikatem z numerem linii — dokładnie taki rodzaj debugowania, który bazowe ręczne ustawienie odkrywałoby metodą prób i błędów przez ponad 20 minut.
Testowano: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalacja
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Komendy i przykładowe prompty
/biogeobearsWeryfikuje dane drzewa/geografii, tworzy pełny folder analizy BioGeoBEARS i generuje gotowy do uruchomienia skrypt RMarkdown.
Skille uruchamiają się na zwykłe polecenia — bez komend do zapamiętania. Po instalacji aktywują go prompty takie jak te (po angielsku):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models