anndata
Pracuje z plikami macierzy anotowanych .h5ad dla danych single-cell w ekosystemie scverse.
Działa po konfiguracji
Co robi ten skill
Struktura danych dla anotowanych macierzy w analizie single-cell. Używaj przy pracy z plikami .h5ad lub integracji z ekosystemem scverse. To skill dotyczący formatu danych — do przepływów analitycznych użyj scanpy; do modeli probabilistycznych użyj scvi-tools; do zapytań w skali populacyjnej użyj cellxgene-census.
Raport z testu
Instalacja dosłowna (git clone + cp) działa bez zarzutu; frontmatter SKILL.md parsuje się jako ścisły YAML z obecnymi wszystkimi 5 plikami referencyjnymi, a każde udokumentowane API (konstrukcja AnnData, ad.concat, konwersja rzadka, I/O h5ad w trybie backed, ustawienia zarr) działa poprawnie na prawdziwym pakiecie anndata. W zadaniu A/B budowy i filtrowania AnnData gałąź ze skillem i gałąź bazowa wyprodukowały funkcjonalnie identyczne, poprawne, idiomatyczne skrypty (obie odrzuciły komórkę z samymi zerami, obie zapisały/wczytały ponownie h5ad w trybie backed), więc skill nie dał mierzalnej przewagi wynikowej w tym zadaniu. Wymaga zainstalowanego pakietu Python anndata (pip install anndata); nie są potrzebne klucze API ani usługi zewnętrzne.
Testowano: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Instalacja
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Komendy i przykładowe prompty
/anndataPracuje z plikami macierzy anotowanych .h5ad dla danych single-cell w ekosystemie scverse.
Skille uruchamiają się na zwykłe polecenia — bez komend do zapamiętania. Po instalacji aktywują go prompty takie jak te (po angielsku):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type