Accessibility Aggregation

Łączy piki ATAC-seq/DNase-seq w zunifikowaną mapę chromatyny — wymaga towarzyszącego serwera MCP do pobierania danych.

Działa po konfiguracji ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Łączy piki ATAC-seq/DNase-seq w zunifikowaną mapę chromatyny — wymaga towarzyszącego serwera MCP do pobierania danych.

Co robi ten skill

Agreguje pliki narrowPeak ATAC-seq i DNase-seq z wielu eksperymentów ENCODE w zunifikowany zestaw pików otwartej chromatyny, stosując filtrowanie listy blokad ENCODE, filtrowanie signalValue dla każdej próbki, usuwanie artefaktów subnukleosomalnych ATAC oraz warstwowanie pewności wysokiej/wspieranej/pojedynczej. Uruchamia się na żądania takie jak 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' lub 'where is chromatin accessible in my tissue'. Kroki 1-3 i 7 (search/download/provenance-log) wywołują niestandardowe narzędzia encode_*, które istnieją tylko wtedy, gdy towarzyszący serwer MCP encode-toolkit jest zainstalowany oddzielnie; kroki 4-6 (filtrowanie listy blokad/sygnału, bedtools merge, adnotacja pewności) oraz dołączony skrypt validate_peaks.py są samodzielne i działają niezależnie.

Raport z testu

Uruchomiono rzeczywisty potok bedtools na syntetycznych danych narrowPeak ATAC/DNase: filtry blocklist + signalValue + sub-nucleosomal umiejętności poprawnie odrzuciły umieszczony artefakt z czarnej listy i fragment Tn5 o długości 20bp, który naiwne bazowe scalenie zachowało jako fałszywe 'dostępne regiony', ale własna logika AWK warstw pewności sprawia, że warstwa 'Supported' jest nieosiągalna dla próbek N<=4, a kroki wyszukiwania/pobierania ENCODE wymagają oddzielnego serwera MCP encode-toolkit, który nie jest dołączony do folderu umiejętności.

Testowano: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Instalacja

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Komendy i przykładowe prompty

/accessibility-aggregationŁączy piki ATAC-seq/DNase-seq w zunifikowaną mapę chromatyny — wymaga towarzyszącego serwera MCP do pobierania danych.

Skille uruchamiają się na zwykłe polecenia — bez komend do zapamiętania. Po instalacji aktywują go prompty takie jak te (po angielsku):

Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Pełny raport →