Trackpy Particle Tracking

Enkeltpartikkelsporing i mikroskopivideo: lokalisere, koble, filtrere, MSD-diffusjon med trackpy

av jaechang-hits · jaechang-hits/SciAgent-Skills

Bestått ★ 9.2/10

Trackpy Particle Tracking — Enkeltpartikkelsporing i mikroskopivideo: lokalisere, koble, filtrere, MSD-diffusjon med trackpy

Hva den gjør

En referanseferdighet for Python-biblioteket trackpy som veileder Claude gjennom enkeltpartikkelsporing (SPT) i videomikroskopi: lokalisering av lyse flekker per bilde, kobling av dem til trajektorier, filtrering av korte spor, korrigering av sceneforskyvning, og beregning av MSD for å trekke ut diffusjonskoeffisienter i 2D og 3D. Utløses når en bruker har en fluorescens- eller brightfield-mikroskopivideo (TIF-stakk, AVI, bildeserie) og ønsker trajektorier per partikkel, gjennomsnittlig kvadratisk forskyvningskurver, eller diffusjonskoeffisienter. Utløses ikke for bildesegmentering, celletelling eller generisk objektdeteksjon.

Testrapport

Hentet SKILL.md (kun fil i katalogen; ingen bundlet skript, ingen sikkerhetsbrister; frontmatter har name+description, license BSD-3). Installerte trackpy 0.7 + pims i et venv, genererte en syntetisk 60-rammers TIF av 25 Gaussiske partikler som utførte en tilfeldig vandring med kjent D_true=0.8 px^2/frame. Kjørte et BASELINE-skript (gjettet diameter, standard minmass, ingen stub-filter, ingen driftkorreksjon, grov lag-1 MSD) og et SKILL-skript (Workflow 1 ordrett: locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit). Baseline over-detekterte støy (~55 funksjoner/ramme vs 25 reelle), fragmenterte i 1752 spor, og returnerte D=1.259 (57% høyt); ferdigheten filtrerte til 20 rene spor og returnerte D=0.691 (R^2=0.998), mye nærmere sannheten. Alle dokumenterte API-kall (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) ble utført korrekt.

Testet på: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installer

git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking
# Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts):
#   pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy
# For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2  OR  pip install aicsimageio
# Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.

Kommandoer og eksempelprompter

/trackpy-particle-trackingEnkeltpartikkelsporing i mikroskopivideo: lokalisere, koble, filtrere, MSD-diffusjon med trackpy

Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Track fluorescent particles in this microscopy video
Compute MSD for these vesicle trajectories
Link detected spots into particle tracks across frames

Full rapport →