ReacNetGenerator

Kjører ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectorier for å bygge reaksjonsnettverk og rapporter.

av jinzhezenggroup · jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills

Bestått ★ 9.2/10

ReacNetGenerator — Kjører ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectorier for å bygge reaksjonsnettverk og rapporter.

Hva den gjør

Pakker inn ReacNetGenerator (og hjelperen reacnet-md-tools) for å gjøre LAMMPS dump/bond/xyz-trajectorier om til reaksjonsnettverksrapporter, og håndterer koordinatformat-særegenheter (xs/ys/zs til x/y/z, PBC/celle-valg) automatisk. Utløses når en bruker vil analysere en reaktiv MD-trajectorie eller etterbehandle eksisterende .reactionabcd/.species-output i stedet for å kjøre den på nytt. Velger mellom den høynivå wrapper-CLI-en og den native reacnetgenerator-CLI-en avhengig av om offisielle lavnivåflagg trengs.

Testrapport

Ba den planlegge en kjøring på en xs/ys/zs LAMMPS dump uten datafil: den styrte mot reacnet-md-tools-wrapperen og --nohmm i stedet for å finne opp reacnetgenerator-flagg fra minnet — nøyaktig hallusinasjonssvikten skillet må forhindre.

Testet på: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installer

git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills
cd computational-chemistry-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator

Kommandoer og eksempelprompter

/reacnetgeneratorKjører ReacNetGenerator på LAMMPS/ReaxFF-trajectorier for å bygge reaksjonsnettverk og rapporter.

Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Build a reaction network from my LAMMPS trajectory
Analyze this ReaxFF dump with ReacNetGenerator
Post-process my reactive MD trajectory output

Full rapport →