Build SimBiology Models

Tett SimBiology API-/regelreferanse som forhindrer reelle tvetydig-art- og utdaterte-egenskap-feil.

av matlab · matlab/matlab-agentic-toolkit

Bestått ★ 9.6/10

Build SimBiology Models — Tett SimBiology API-/regelreferanse som forhindrer reelle tvetydig-art- og utdaterte-egenskap-feil.

Hva den gjør

Dette skillet er en 499-linjers API-referanse og regelsett for å bygge og diagrammere SimBiology-modeller programmatisk — dekker kvalifisert artsnavngivning, moderne egenskapsnavn (Value/Units/Constant), reaksjonsretningskonvensjoner, regel-/hendelsesbegrensninger, og diagramoppsett-matematikk. Det utløses av «bygg/legg til/endre compartment, species, reaction, diagram, layout» og henviser eksplisitt simulering og parametertilpasningsforespørsler til søsterskill.

Testrapport

Ba begge veier koble sammen en to-rom PK-modell med en «Drug»-art i hvert rom: den ustyrte baseline-en skrev ukvalifiserte artsreferanser som SimBiology avviser som tvetydige på tvers av rom, mens skillets Regel 5 (bruk alltid Compartment.Species-kvalifiserte navn) produserte reaksjonsstrenger som faktisk er gyldige.

Testet på: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installer

git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit
cd matlab-agentic-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-build-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-build-simbiology-model

Kommandoer og eksempelprompter

/matlab-build-simbiology-modelTett SimBiology API-/regelreferanse som forhindrer reelle tvetydig-art- og utdaterte-egenskap-feil.

Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

Help me add a species and reaction to my SimBiology model
Build a compartment diagram programmatically in SimBiology
Fix the ambiguous species naming error in my SimBiology script

Full rapport →