BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Validerer tre/geografi-input, setter opp en komplett BioGeoBEARS analysemappe, og genererer et klart-til-kjøring RMarkdown-skript.
Bestått
Hva den gjør
Setter opp fylogenetiske biogeografiske (stam-rekkevidde) analyser ved bruk av R-pakken BioGeoBEARS: validerer og omformaterer geografifiler mot tre-tips, oppretter en organisert analyse-katalog, og genererer et tilpasset RMarkdown-skript som passer og sammenligner de seks standard DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J) modellene. Utløses ved forespørsler om å rekonstruere stam-rekkevidder, analysere artsfordelinger på en fylogeni, eller kjøre BioGeoBEARS.
Testrapport
Kjørte den medfølgende validatoren på ekte leketøydata ende-til-ende: den omformaterte korrekt en CSV-distribusjonstabell til PHYLIP-format, deretter fanget den tre reelle, distinkte feil på en bevisst ødelagt fil (et mellomrom i et artsnavn, feil binær-kode-lengde, et ugyldig tegn) og en tre/geografi arts-mismatch, hver med en presis linjenummerert melding — nøyaktig den typen feilsøking en manuell baseline-oppsett ville brukt 20+ minutter på å oppdage ved prøving og feiling.
Testet på: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installer
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Kommandoer og eksempelprompter
/biogeobearsValiderer tre/geografi-input, setter opp en komplett BioGeoBEARS analysemappe, og genererer et klart-til-kjøring RMarkdown-skript.
Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models