AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Kjører AlphaFold2 via ColabFold for å folde proteiner/komplekser og tolke pLDDT/pTM/ipTM/PAE-konfidens.
Krever oppsett
Hva den gjør
Forutsier 3D-proteinstrukturer fra en FASTA-sekvens ved hjelp av AlphaFold2 gjennom ColabFolds MMseqs2-akselererte MSA-pipeline, som dekker enkeltkjedede monomerer og AlphaFold2-Multimer-komplekser. Forklarer hvordan man leser per-rest og per-grensesnitt konfidensmålinger og hvordan man validerer en designet sekvens via selv-konsistens refolding. Del av en større AlterLab-suite; utsetter eksplisitt til søskenferdigheter for ligand-kofolding, antistoffkomplekser, embeddings eller databaseoppslag. Krever en CUDA GPU og ColabFold-installasjon.
Testrapport
Ruter korrekt et ProteinMPNN-designet peptid inn i selv-konsistens fold-og-sjekk-løkken og overfører GPU-trinnet til alterlab-remote-compute – men faktisk folding krever en CUDA GPU pluss multi-GB AlphaFold2-vekter som denne sandkassen ikke har, så bare veiledningslaget kunne verifiseres.
Testet på: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installer
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Kommandoer og eksempelprompter
/alterlab-alphafoldKjører AlphaFold2 via ColabFold for å folde proteiner/komplekser og tolke pLDDT/pTM/ipTM/PAE-konfidens.
Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.