SkillProof tested Claude skills

Accessibility Aggregation

Slår sammen ATAC-seq/DNase-seq-topper til et union kromatinkart – trenger en tilhørende MCP-server for datahenting.

av ammawla · ammawla/encode-toolkit

Krever oppsett ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Slår sammen ATAC-seq/DNase-seq-topper til et union kromatinkart – trenger en tilhørende MCP-server for datahenting.

Hva den gjør

Aggregerer ATAC-seq og DNase-seq `narrowPeak`-filer fra flere ENCODE-eksperimenter til et union åpen-kromatin toppsett, og anvender ENCODE blokklistefiltrering, per-prøve `signalValue`-filtrering, ATAC sub-nukleosomal artefaktfjerning, og høy/støttet/singleton konfidens-nivåinndeling. Utløses ved forespørsler som 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' eller 'where is chromatin accessible in my tissue'. Trinn 1-3 og 7 (søk/nedlasting/proveniens-logg) kaller tilpassede `encode_*`-verktøy som kun eksisterer hvis den tilhørende `encode-toolkit` MCP-serveren er installert separat; trinn 4-6 (blokkliste/signalfiltrering, `bedtools` merge, konfidensannotering) og det medfølgende `validate_peaks.py`-skriptet er selvstendige og kjører uavhengig.

Testrapport

Kjørte den faktiske `bedtools`-pipelinen på syntetiske ATAC/DNase `narrowPeak`-data: skillens blokkliste + `signalValue` + sub-nukleosomale filtre droppet korrekt en plantet svarteliste-artefakt og et 20bp Tn5-fragment som en naiv baseline-sammenslåing beholdt som falske 'accessible regions', men dens egen konfidens-nivå AWK-logikk gjør 'Supported'-nivået uoppnåelig for N<=4 prøver, og ENCODE søke-/nedlastingstrinnene trenger en separat `encode-toolkit` MCP-server som ikke er inkludert i skill-mappen.

Testet på: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installer

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Kommandoer og eksempelprompter

  • /accessibility-aggregationSlår sammen ATAC-seq/DNase-seq-topper til et union kromatinkart – trenger en tilhørende MCP-server for datahenting.

Skills utløses av vanlige forespørsler — ingen kommandoer å huske. Etter installasjonen aktiverer prompter som disse skillen (på engelsk):

  • Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
  • Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
  • Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Full rapport →