Trackpy Particle Tracking

Single-particle tracking in microscopievideo: locate, link, filter, MSD diffusie met trackpy

Door jaechang-hits · jaechang-hits/SciAgent-Skills

Getest · Werkt ★ 9.2/10

Trackpy Particle Tracking — Single-particle tracking in microscopievideo: locate, link, filter, MSD diffusie met trackpy

Wat het doet

Een referentie skill voor de Python trackpy library die Claude door single-particle tracking (SPT) in videomicroscopie leidt: het lokaliseren van heldere vlekken per frame, deze linken tot trajecten, korte tracks filteren, stage drift corrigeren, en MSD berekenen om diffusiecoëfficiënten in 2D en 3D te extraheren. Activeert wanneer een gebruiker een fluorescentie- of brightfield microscopievideo (TIF stack, AVI, image series) heeft en per-particle trajecten, mean squared displacement curves, of diffusiecoëfficiënten wil. Activeert niet voor beeldsegmentatie, celtelling, of generieke objectdetectie.

Testrapport

SKILL.md opgehaald (enige bestand in de dir; geen gebundelde scripts, geen security smells; frontmatter heeft name+description, license BSD-3). trackpy 0.7 + pims geïnstalleerd in een venv, een synthetische 60-frame TIF gegenereerd van 25 Gaussische deeltjes die een random walk uitvoeren met bekende D_true=0.8 px^2/frame. Een BASELINE script uitgevoerd (geraden diameter, standaard minmass, geen stub filter, geen drift correctie, ruwe lag-1 MSD) en een SKILL script (Workflow 1 verbatim: locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit). Baseline over-detecteerde ruis (~55 features/frame vs 25 echt), fragmenteerde in 1752 tracks, en retourneerde D=1.259 (57% te hoog); de skill filterde naar 20 schone tracks en retourneerde D=0.691 (R^2=0.998), veel dichter bij de waarheid. Alle gedocumenteerde API calls (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) correct uitgevoerd.

Getest op: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installatie

git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking
# Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts):
#   pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy
# For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2  OR  pip install aicsimageio
# Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.

Commando's en voorbeeldprompts

/trackpy-particle-trackingSingle-particle tracking in microscopievideo: locate, link, filter, MSD diffusie met trackpy

Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):

Track fluorescent particles in this microscopy video
Compute MSD for these vesicle trajectories
Link detected spots into particle tracks across frames

Volledig rapport (Engels) →