ReacNetGenerator
Draait ReacNetGenerator op LAMMPS/ReaxFF-trajecten om reactienetwerken en rapporten te bouwen.
Getest · Werkt
Wat het doet
Verpakt ReacNetGenerator (en de reacnet-md-tools-helper) om LAMMPS dump/bond/xyz-trajecten om te zetten in reactienetwerk-rapporten, met automatische afhandeling van coördinaatformaat-eigenaardigheden (xs/ys/zs naar x/y/z, PBC/cell-keuze). Wordt getriggerd als een gebruiker een reactieve MD-traject wil analyseren of bestaande .reactionabcd/.species-output wil naverwerken in plaats van opnieuw te draaien. Kiest tussen de high-level wrapper-CLI en de native reacnetgenerator-CLI, afhankelijk van of officiële low-level flags nodig zijn.
Testrapport
Een eerste run plannen op een xs/ys/zs LAMMPS-dump: stuurde naar de reacnet-md-tools-wrapper en --nohmm in plaats van reacnetgenerator-flags te verzinnen — het hallucinatiefalen dat een niche CLI-skill moet voorkomen.
Getest op: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installatie
git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills cd computational-chemistry-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator
Commando's en voorbeeldprompts
/reacnetgeneratorDraait ReacNetGenerator op LAMMPS/ReaxFF-trajecten om reactienetwerken en rapporten te bouwen.
Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):
Build a reaction network from my LAMMPS trajectoryAnalyze this ReaxFF dump with ReacNetGeneratorPost-process my reactive MD trajectory output