BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Valideert boom/geografie-invoer, scaffoldt een volledige BioGeoBEARS-analysemap en genereert een kant-en-klaar RMarkdown-script.
Getest · Werkt
Wat het doet
Stelt fylogenetische biogeografische (ancestrale bereik) analyses in met behulp van het R-pakket BioGeoBEARS: valideert en herformatteert geografische bestanden tegen boomtips, creëert een georganiseerde analysemap en genereert een aangepast RMarkdown-script dat de zes standaard DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J) modellen past en vergelijkt. Wordt geactiveerd bij verzoeken om ancestrale bereiken te reconstrueren, soortverdelingen op een fylogenie te analyseren, of BioGeoBEARS uit te voeren.
Testrapport
Voerde de gebundelde validator uit op echte speelgoedgegevens end-to-end: het herformatteerde correct een CSV-distributietabel naar PHYLIP-formaat, ving vervolgens drie echte, verschillende fouten op een opzettelijk defect bestand (een spatie in een soortnaam, verkeerde binaire code lengte, een ongeldig teken) en een soort-mismatch tussen boom/geografie, elk met een precieze bericht met lijnnummering — precies het soort debugging dat een basislijn handmatige installatie 20+ minuten zou kosten om bij trial-and-error te ontdekken.
Getest op: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installatie
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Commando's en voorbeeldprompts
/biogeobearsValideert boom/geografie-invoer, scaffoldt een volledige BioGeoBEARS-analysemap en genereert een kant-en-klaar RMarkdown-script.
Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models