anndata
Werkt met geannoteerde .h5ad-matrixbestanden voor single-cell data in het scverse-ecosysteem.
Werkt met setup
Wat het doet
Datastructuur voor geannoteerde matrices in single-cell-analyse. Gebruik dit bij het werken met .h5ad-bestanden of bij integratie met het scverse-ecosysteem. Dit is de skill voor het dataformaat—gebruik voor analyseworkflows scanpy; voor probabilistische modellen scvi-tools; voor queries op populatieschaal cellxgene-census.
Testrapport
Verbatim install (git clone + cp) werkt zonder problemen; de SKILL.md-frontmatter parseert als strikte YAML met alle 5 referentiebestanden aanwezig, en elke gedocumenteerde API (AnnData-constructie, ad.concat, sparse-conversie, h5ad backed-mode I/O, zarr-instellingen) draait correct tegen het echte anndata-package. Bij een A/B-taak voor het bouwen en filteren van een AnnData produceerden de skill- en baseline-variant functioneel identieke, correcte, idiomatische scripts (beide lieten de all-zero cell vallen, beide schreven/herlaadden h5ad in backed mode), dus de skill leverde geen meetbaar outputvoordeel op voor deze taak. Vereist het geïnstalleerde anndata Python-package (pip install anndata); geen API-keys of externe services nodig.
Getest op: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installatie
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Commando's en voorbeeldprompts
/anndataWerkt met geannoteerde .h5ad-matrixbestanden voor single-cell data in het scverse-ecosysteem.
Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type