AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Voert AlphaFold2 uit via ColabFold om eiwitten/complexen te vouwen en pLDDT/pTM/ipTM/PAE betrouwbaarheid te interpreteren.
Werkt met setup
Wat het doet
Voorspelt 3D-eiwitstructuren uit een FASTA-sequentie met behulp van AlphaFold2 via ColabFold's MMseqs2-versnelde MSA-pipeline, inclusief enkelketenige monomeren en AlphaFold2-Multimer complexen. Legt uit hoe per-residu en per-interface betrouwbaarheidsmetrieken moeten worden gelezen en hoe een ontworpen sequentie kan worden gevalideerd via self-consistency refolding. Onderdeel van een grotere AlterLab suite; verwijst expliciet naar zuster-skills voor ligand co-folding, antilichaamcomplexen, embeddings of database-opzoekingen. Vereist een CUDA GPU en ColabFold installatie.
Testrapport
Routeert correct een ProteinMPNN-ontworpen peptide naar de self-consistency fold-and-check loop en draagt de GPU-stap over aan alterlab-remote-compute — maar daadwerkelijke vouwing vereist een CUDA GPU plus multi-GB AlphaFold2 gewichten die deze sandbox niet heeft, dus alleen de begeleidingslaag kon worden geverifieerd.
Getest op: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installatie
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Commando's en voorbeeldprompts
/alterlab-alphafoldVoert AlphaFold2 uit via ColabFold om eiwitten/complexen te vouwen en pLDDT/pTM/ipTM/PAE betrouwbaarheid te interpreteren.
Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.