Accessibility Aggregation

Voegt ATAC-seq/DNase-seq pieken samen tot een verenigde chromatinekaart — vereist een begeleidende MCP-server voor data-ophaling.

Door ammawla · ammawla/encode-toolkit

Werkt met setup ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Voegt ATAC-seq/DNase-seq pieken samen tot een verenigde chromatinekaart — vereist een begeleidende MCP-server voor data-ophaling.

Wat het doet

Aggregeert ATAC-seq en DNase-seq narrowPeak-bestanden van meerdere ENCODE-experimenten tot een verenigde open-chromatine piekenset, waarbij ENCODE blocklist-filtering, per-sample signalValue-filtering, ATAC sub-nucleosomale artefactverwijdering en high/supported/singleton confidence-tiering worden toegepast. Activeert bij verzoeken zoals 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' of 'where is chromatin accessible in my tissue'. Stappen 1-3 en 7 (zoeken/downloaden/provenance-log) roepen aangepaste encode_*-tools aan die alleen bestaan als de begeleidende encode-toolkit MCP-server afzonderlijk is geïnstalleerd; stappen 4-6 (blocklist/signal filtering, bedtools merge, confidence annotation) en het gebundelde validate_peaks.py-script zijn zelfstandig en draaien autonoom.

Testrapport

Voerde de daadwerkelijke bedtools-pipeline uit op synthetische ATAC/DNase narrowPeak-data: de blocklist + signalValue + sub-nucleosomale filters van de skill verwijderden correct een geplaatst blacklist-artefact en een 20bp Tn5-fragment dat een naïeve baseline-merge als valse 'accessible regions' behield, maar de eigen confidence-tier AWK-logica maakt de 'Supported'-tier onbereikbaar voor N<=4 samples, en de ENCODE zoek/download-stappen hebben een aparte encode-toolkit MCP-server nodig die niet in de skill-map is opgenomen.

Getest op: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installatie

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Commando's en voorbeeldprompts

/accessibility-aggregationVoegt ATAC-seq/DNase-seq pieken samen tot een verenigde chromatinekaart — vereist een begeleidende MCP-server voor data-ophaling.

Skills reageren op gewone verzoeken — geen commando's om te onthouden. Na installatie activeren prompts zoals deze de skill (in het Engels):

Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Volledig rapport (Engels) →