ROBOT OBO Tool

Riferimento comandi per ROBOT, la CLI standard OBO-ontology: ragionamento, template TSV-to-OWL, QC, conversione formati.

di ai4curation · ai4curation/curation-skills

Promosso ★ 9.6/10

ROBOT OBO Tool — Riferimento comandi per ROBOT, la CLI standard OBO-ontology: ragionamento, template TSV-to-OWL, QC, conversione formati.

Cosa fa

Una guida di riferimento (SKILL.md + 8 file di approfondimento) per ROBOT, la CLI Java utilizzata da quasi tutti i pipeline di build di ontologie OBO Foundry, che copre ragionamento (ELK/HermiT), generazione di termini basata su template da TSV/CSV, report di controllo qualità, conversione formati, estrazione moduli, query SPARQL e concatenazione comandi. Si attiva quando l'utente sta lavorando con file di ontologia OWL/OBO e necessita di un passaggio di build/QC/conversione automatizzato.

Rapporto di test

Installato vero Java + scaricato il jar ROBOT effettivo da ontodev/robot ed eseguito in tempo reale: un TSV di template ingenuo (nessuna guida dell'abilità) è fallito immediatamente con UNKNOWN TEMPLATE ERROR, mentre il formato template documentato dall'abilità a 3 righe (header / stringhe template come 'SC %' e 'A rdfs:comment' / dati) ha prodotto OWL valido che poi si è convertito in modo pulito in OBO con il comando documentato esatto.

Testato il: 2026-07-15 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installazione

git clone https://github.com/ai4curation/curation-skills
cd curation-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r robot-obo-tool ~/.claude/skills/robot-obo-tool

Comandi e prompt di esempio

  • /robot-obo-toolRiferimento comandi per ROBOT, la CLI standard OBO-ontology: ragionamento, template TSV-to-OWL, QC, conversione formati.

Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):

  • Generate OWL term classes from this TSV using robot template
  • Convert my OWL ontology file to OBO format with robot convert
  • Run a QC report on this OBO ontology and check for reasoning errors