ReacNetGenerator

Esegue ReacNetGenerator su traiettorie LAMMPS/ReaxFF per costruire reti di reazione e report.

di jinzhezenggroup · jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills

Promosso ★ 9.2/10

ReacNetGenerator — Esegue ReacNetGenerator su traiettorie LAMMPS/ReaxFF per costruire reti di reazione e report.

Cosa fa

Avvolge ReacNetGenerator (e l'helper reacnet-md-tools) per trasformare traiettorie LAMMPS dump/bond/xyz in report di reti di reazione, gestendo automaticamente le stranezze del formato coordinate (xs/ys/zs verso x/y/z, scelta PBC/cell). Si attiva quando un utente vuole analizzare una traiettoria MD reattiva o post-processare output .reactionabcd/.species esistenti invece di rieseguirla. Sceglie tra la CLI wrapper di alto livello e la CLI nativa reacnetgenerator a seconda che servano i flag ufficiali di basso livello.

Rapporto di test

Chiesto di pianificare una run su un dump LAMMPS xs/ys/zs senza data file separato, ha indirizzato verso il wrapper reacnet-md-tools e --nohmm invece di inventare flag di reacnetgenerator a memoria, l'allucinazione da evitare.

Testato il: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installazione

git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills
cd computational-chemistry-agent-skills
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator

Comandi e prompt di esempio

/reacnetgeneratorEsegue ReacNetGenerator su traiettorie LAMMPS/ReaxFF per costruire reti di reazione e report.

Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):

Build a reaction network from my LAMMPS trajectory
Analyze this ReaxFF dump with ReacNetGenerator
Post-process my reactive MD trajectory output

Rapporto completo →