Build SimBiology Models
Riferimento denso su API/regole di SimBiology che previene reali errori di specie ambigue e proprietà deprecate.
Promosso
Cosa fa
Questa skill è un riferimento API e un insieme di regole di 499 righe per costruire e diagrammare programmaticamente modelli SimBiology — copre la denominazione qualificata delle specie, i nomi moderni delle proprietà (Value/Units/Constant), le convenzioni sulla direzione delle reazioni, i vincoli di regole/eventi e la matematica del layout dei diagrammi. Si attiva su 'costruisci/aggiungi/modifica compartment, species, reaction, diagram, layout' e cede esplicitamente il passo a skill affini per richieste di simulazione e fitting dei parametri.
Rapporto di test
Chiesto a entrambi i percorsi di collegare un modello PK a due compartimenti con una specie 'Drug' in ciascun compartimento: la baseline senza guida ha scritto riferimenti alle specie non qualificati che SimBiology rifiuta come ambigui tra compartimenti, mentre la Regola 5 della skill (usare sempre nomi qualificati Compartment.Species) ha prodotto stringhe di reazione effettivamente valide.
Testato il: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installazione
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-build-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-build-simbiology-model
Comandi e prompt di esempio
/matlab-build-simbiology-modelRiferimento denso su API/regole di SimBiology che previene reali errori di specie ambigue e proprietà deprecate.
Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):
Help me add a species and reaction to my SimBiology modelBuild a compartment diagram programmatically in SimBiologyFix the ambiguous species naming error in my SimBiology script