BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Valida input albero/geografia, imposta una cartella di analisi BioGeoBEARS completa e genera uno script RMarkdown pronto per l'esecuzione.
Promosso
Cosa fa
Imposta analisi filogenetiche biogeografiche (intervallo ancestrale) utilizzando il pacchetto R BioGeoBEARS: valida e riformatta i file geografici rispetto alle punte degli alberi, crea una directory di analisi organizzata e genera uno script RMarkdown personalizzato che adatta e confronta i sei modelli standard DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J). Si attiva su richieste di ricostruire intervalli ancestrali, analizzare distribuzioni di specie su una filogenesi o eseguire BioGeoBEARS.
Rapporto di test
Eseguito il validatore bundle su dati giocattolo reali end-to-end: ha correttamente riformattato una tabella di distribuzione CSV in formato PHYLIP, poi ha rilevato tre errori reali e distinti su un file deliberatamente corrotto (uno spazio nel nome di una specie, lunghezza errata del codice binario, un carattere non valido) e una discrepanza tra specie nell'albero/geografia, ciascuno con un messaggio preciso numerato per riga — esattamente il tipo di debug che una configurazione manuale di base richiederebbe 20+ minuti per scoprire per tentativi ed errori.
Testato il: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installazione
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Comandi e prompt di esempio
/biogeobearsValida input albero/geografia, imposta una cartella di analisi BioGeoBEARS completa e genera uno script RMarkdown pronto per l'esecuzione.
Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models