anndata
Lavora con file di matrici annotate .h5ad per dati single-cell nell'ecosistema scverse.
Richiede configurazione
Cosa fa
Struttura dati per matrici annotate nell'analisi single-cell. Da usare quando si lavora con file .h5ad o si integra con l'ecosistema scverse. Questo è lo skill per il formato dati — per i workflow di analisi usa scanpy, per i modelli probabilistici usa scvi-tools, per le query su scala di popolazione usa cellxgene-census.
Rapporto di test
Installazione verbatim (git clone + cp) pulita; il frontmatter di SKILL.md è valido come YAML rigoroso, tutti i 5 file referenziati sono presenti, e ogni API documentata (costruzione di AnnData, ad.concat, conversione sparse, I/O h5ad in backed-mode, impostazioni zarr) funziona correttamente contro il vero pacchetto anndata. In un task A/B di costruzione e filtraggio di un AnnData, i bracci con e senza skill hanno prodotto script funzionalmente identici, corretti e idiomatici (entrambi hanno scartato la cella tutta a zero, entrambi hanno scritto/ricaricato l'h5ad in backed mode), quindi lo skill non ha aggiunto alcun vantaggio misurabile in output su questo task. Richiede il pacchetto Python anndata installato (pip install anndata); non servono chiavi API né servizi esterni.
Testato il: 2026-07-11 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installazione
git clone https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills cd scientific-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/anndata ~/.claude/skills/anndata
Comandi e prompt di esempio
/anndataLavora con file di matrici annotate .h5ad per dati single-cell nell'ecosistema scverse.
Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):
Load and inspect this .h5ad single-cell datasetConvert my single-cell data into an AnnData objectSubset this AnnData file by cell type