AlterLab AlphaFold (via ColabFold)
Esegue AlphaFold2 tramite ColabFold per ripiegare proteine/complessi e interpretare la confidenza pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Richiede configurazione
Cosa fa
Predice strutture proteiche 3D da una sequenza FASTA utilizzando AlphaFold2 tramite la pipeline MSA accelerata da MMseqs2 di ColabFold, coprendo monomeri a catena singola e complessi AlphaFold2-Multimer. Spiega come leggere le metriche di confidenza per residuo e per interfaccia e come convalidare una sequenza progettata tramite ripiegamento auto-consistente. Parte di una suite AlterLab più ampia; delega esplicitamente a skill sorelle per co-ripiegamento di ligandi, complessi anticorpali, embeddings o lookup di database. Richiede una CUDA GPU e l'installazione di ColabFold.
Rapporto di test
Instrada correttamente un peptide progettato con ProteinMPNN nel ciclo di ripiegamento e verifica auto-consistente e passa il passaggio GPU a alterlab-remote-compute -- ma il ripiegamento effettivo richiede una CUDA GPU più pesi AlphaFold2 di diversi GB che questa sandbox non ha, quindi solo lo strato di guida ha potuto essere verificato.
Testato il: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installazione
git clone https://github.com/AlterLab-IEU/AlterLab-Academic-Skills cd AlterLab-Academic-Skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills/bioinformatics/alterlab-alphafold ~/.claude/skills/alterlab-alphafold
Comandi e prompt di esempio
/alterlab-alphafoldEsegue AlphaFold2 tramite ColabFold per ripiegare proteine/complessi e interpretare la confidenza pLDDT/pTM/ipTM/PAE.
Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):
Fold this FASTA sequence and give me pLDDT confidence scores.Predict this protein complex structure with AlphaFold2-Multimer.I designed this peptide with ProteinMPNN, check if it folds back.