Accessibility Aggregation

Unisce i picchi ATAC-seq/DNase-seq in una mappa di cromatina unificata — richiede un server MCP companion per il recupero dei dati.

di ammawla · ammawla/encode-toolkit

Richiede configurazione ★ 8.8/10

Accessibility Aggregation — Unisce i picchi ATAC-seq/DNase-seq in una mappa di cromatina unificata — richiede un server MCP companion per il recupero dei dati.

Cosa fa

Aggrega i file narrowPeak ATAC-seq e DNase-seq da più esperimenti ENCODE in un set di picchi di cromatina aperta unificato, applicando il filtraggio della blocklist ENCODE, il filtraggio signalValue per campione, la rimozione degli artefatti sub-nucleosomali ATAC e la tiering di confidenza alta/supportata/singleton. Si attiva su richieste come 'aggregate ATAC-seq peaks for pancreas' o 'where is chromatin accessible in my tissue'. I passaggi 1-3 e 7 (ricerca/download/log di provenienza) chiamano strumenti custom encode_* che esistono solo se il server MCP companion encode-toolkit è installato separatamente; i passaggi 4-6 (blocklist/filtraggio del segnale, merge bedtools, annotazione di confidenza) e lo script validate_peaks.py incluso sono autocontenuti e vengono eseguiti autonomamente.

Rapporto di test

Ho eseguito la pipeline bedtools effettiva su dati narrowPeak ATAC/DNase sintetici: i filtri blocklist + signalValue + sub-nucleosomali della skill hanno correttamente eliminato un artefatto di blacklist impiantato e un frammento Tn5 da 20bp che una fusione ingenua di base aveva mantenuto come false 'regioni accessibili', ma la sua logica AWK di tier di confidenza rende il tier 'Supported' irraggiungibile per N<=4 campioni, e i passaggi di ricerca/download ENCODE necessitano di un server MCP encode-toolkit separato non incluso nella cartella della skill.

Testato il: 2026-07-14 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installazione

git clone https://github.com/ammawla/encode-toolkit
cd encode-toolkit
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -r skills/accessibility-aggregation ~/.claude/skills/accessibility-aggregation

Comandi e prompt di esempio

/accessibility-aggregationUnisce i picchi ATAC-seq/DNase-seq in una mappa di cromatina unificata — richiede un server MCP companion per il recupero dei dati.

Gli skill si attivano con richieste in linguaggio naturale, senza comandi da ricordare. Dopo l'installazione, prompt come questi lo attivano (in inglese):

Aggregate ATAC-seq peaks for pancreas into one accessibility map
Where is chromatin accessible across these DNase-seq samples?
Merge these ENCODE experiments with blocklist filtering applied

Rapporto completo →