Trackpy Particle Tracking

Suivi de particules uniques en vidéo microscopique : localisation, liaison, filtrage, diffusion MSD avec trackpy

par jaechang-hits · jaechang-hits/SciAgent-Skills

Testé · Fonctionne ★ 9.2/10

Trackpy Particle Tracking — Suivi de particules uniques en vidéo microscopique : localisation, liaison, filtrage, diffusion MSD avec trackpy

Ce que fait

Une compétence de référence pour la bibliothèque Python trackpy qui guide Claude à travers le suivi de particules uniques (SPT) en microscopie vidéo : localisation des points lumineux par image, liaison en trajectoires, filtrage des pistes courtes, correction de la dérive de platine, et calcul de la MSD pour extraire les coefficients de diffusion en 2D et 3D. Se déclenche lorsqu'un utilisateur a une vidéo de microscopie à fluorescence ou en fond clair (pile TIF, AVI, série d'images) et souhaite des trajectoires par particule, des courbes de déplacement quadratique moyen, ou des coefficients de diffusion. Ne se déclenche pas pour la segmentation d'images, le comptage de cellules ou la détection générique d'objets.

Rapport de test

SKILL.md récupéré (seul fichier dans le répertoire ; pas de scripts groupés, pas de failles de sécurité ; le frontmatter contient name+description, licence BSD-3). trackpy 0.7 + pims installés dans un venv, un TIF synthétique de 60 images de 25 particules gaussiennes effectuant une marche aléatoire avec D_true=0.8 px^2/frame connu a été généré. Un script BASELINE (diamètre deviné, minmass par défaut, pas de filtre de souches, pas de correction de dérive, MSD brut de lag-1) et un script SKILL (Workflow 1 verbatim : locate tune, batch processes=1, link+memory, filter_stubs, compute_drift/subtract_drift, emsd linear-regime fit) ont été exécutés. La référence a sur-détecté le bruit (~55 caractéristiques/image vs 25 réelles), s'est fragmentée en 1752 pistes, et a renvoyé D=1.259 (57% plus élevé) ; la compétence a filtré à 20 pistes propres et a renvoyé D=0.691 (R^2=0.998), beaucoup plus proche de la vérité. Tous les appels API documentés (locate, batch, link, filter_stubs, compute_drift, subtract_drift, emsd) ont été exécutés correctement.

Testé le: 2026-07-31 · Claude Code 2.x (agent harness)

Installation

git clone --depth 1 https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills.git /tmp/trackpy-particle-tracking-src
mkdir -p ~/.claude/skills
cp -R /tmp/trackpy-particle-tracking-src/skills/cell-biology/trackpy-particle-tracking ~/.claude/skills/trackpy-particle-tracking
# Runtime deps (skill is doc-only, no bundled scripts):
#   pip install trackpy pims pandas numpy matplotlib scipy
# For ND2/CZI/LIF microscopy formats: pip install pims-nd2  OR  pip install aicsimageio
# Verified with trackpy 0.7 in a clean venv.

Commandes et exemples de prompts

/trackpy-particle-trackingSuivi de particules uniques en vidéo microscopique : localisation, liaison, filtrage, diffusion MSD avec trackpy

Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :

Track fluorescent particles in this microscopy video
Compute MSD for these vesicle trajectories
Link detected spots into particle tracks across frames

Rapport complet →