ReacNetGenerator
Exécute ReacNetGenerator sur des trajectoires LAMMPS/ReaxFF pour construire des réseaux de réaction et des rapports.
Testé · Fonctionne
Ce que fait
Encapsule ReacNetGenerator (et l'utilitaire reacnet-md-tools) pour transformer des trajectoires LAMMPS dump/bond/xyz en rapports de réseau de réaction, en gérant automatiquement les bizarreries de format de coordonnées (xs/ys/zs vers x/y/z, choix PBC/cell). Se déclenche quand un utilisateur veut analyser une trajectoire de MD réactive ou post-traiter une sortie .reactionabcd/.species existante plutôt que la relancer. Choisit entre le CLI wrapper haut niveau et le CLI natif reacnetgenerator selon que des flags bas niveau officiels sont nécessaires.
Rapport de test
Sur un plan de passage sur un dump LAMMPS xs/ys/zs sans fichier data, il a orienté vers le wrapper reacnet-md-tools et --nohmm au lieu d'inventer des flags de mémoire — le mode d'hallucination qu'un skill CLI de chimie doit prévenir.
Testé le: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/jinzhezenggroup/computational-chemistry-agent-skills cd computational-chemistry-agent-skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r analysis/reacnetgenerator ~/.claude/skills/reacnetgenerator
Commandes et exemples de prompts
/reacnetgeneratorExécute ReacNetGenerator sur des trajectoires LAMMPS/ReaxFF pour construire des réseaux de réaction et des rapports.
Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :
Build a reaction network from my LAMMPS trajectoryAnalyze this ReaxFF dump with ReacNetGeneratorPost-process my reactive MD trajectory output