Build SimBiology Models
Référence dense d'API/règles SimBiology qui évite de vraies erreurs d'espèces ambiguës et de propriétés obsolètes.
Testé · Fonctionne
Ce que fait
Ce skill est une référence d'API et un ensemble de règles de 499 lignes pour construire et représenter des modèles SimBiology par programmation — couvrant le nommage qualifié des espèces, les noms de propriétés modernes (Value/Units/Constant), les conventions de sens de réaction, les contraintes de règles/événements, et les calculs de mise en page des diagrammes. Il se déclenche sur « build/add/modify compartment, species, reaction, diagram, layout » et renvoie explicitement les demandes de simulation et d'ajustement de paramètres vers des skills sœurs.
Rapport de test
Les deux voies ont été chargées de construire un modèle PK à deux compartiments avec une espèce « Drug » dans chacun : la base sans guidage a écrit des références d'espèces non qualifiées que SimBiology rejette comme ambiguës entre compartiments, tandis que la Règle 5 du skill (toujours utiliser des noms qualifiés Compartment.Species) a produit des chaînes de réaction effectivement valides.
Testé le: 2026-07-13 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/matlab/matlab-agentic-toolkit cd matlab-agentic-toolkit mkdir -p ~/.claude/skills cp -r skills-catalog/computational-biology/matlab-build-simbiology-model ~/.claude/skills/matlab-build-simbiology-model
Commandes et exemples de prompts
/matlab-build-simbiology-modelRéférence dense d'API/règles SimBiology qui évite de vraies erreurs d'espèces ambiguës et de propriétés obsolètes.
Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :
Help me add a species and reaction to my SimBiology modelBuild a compartment diagram programmatically in SimBiologyFix the ambiguous species naming error in my SimBiology script