BioGeoBEARS Biogeographic Analysis
Valide les entrées d'arbre/géographie, structure un dossier d'analyse BioGeoBEARS complet et génère un script RMarkdown prêt à l'emploi.
Testé · Fonctionne
Ce que fait
Configure des analyses biogéographiques phylogénétiques (aire ancestrale) en utilisant le package R BioGeoBEARS : valide et reformatte les fichiers de géographie par rapport aux extrémités de l'arbre, crée un répertoire d'analyse organisé, et génère un script RMarkdown personnalisé qui ajuste et compare les six modèles standard DEC/DIVALIKE/BAYAREALIKE(+J). Se déclenche sur les demandes de reconstruction des aires ancestrales, d'analyse des distributions d'espèces sur une phylogénie, ou d'exécution de BioGeoBEARS.
Rapport de test
A exécuté le validateur groupé sur de vraies données jouets de bout en bout : il a correctement reformaté une table de distribution CSV en format PHYLIP, puis a détecté trois erreurs réelles et distinctes sur un fichier délibérément cassé (un espace dans un nom d'espèce, une longueur de code binaire incorrecte, un caractère invalide) et une discordance d'espèce arbre/géographie, chacune avec un message précis numéroté par ligne — exactement le type de débogage qu'une configuration manuelle de base prendrait 20+ minutes à découvrir par essais et erreurs.
Testé le: 2026-07-16 · Claude Code 2.x (agent harness)
Installation
git clone https://github.com/brunoasm/my_claude_skills mkdir -p ~/.claude/skills cp -r my_claude_skills/biogeobears ~/.claude/skills/biogeobears
Commandes et exemples de prompts
/biogeobearsValide les entrées d'arbre/géographie, structure un dossier d'analyse BioGeoBEARS complet et génère un script RMarkdown prêt à l'emploi.
Les skills se déclenchent sur des demandes en langage courant — aucune commande à retenir. Après installation, des prompts comme ceux-ci l'activent (en anglais) :
Set up a BioGeoBEARS analysis folder for my phylogeny datasetValidate my geography file against my tree tips for ancestral rangesGenerate an RMarkdown script comparing DEC and DIVALIKE+J models